La persecuzione scatenata nel 1614 dallo shogun Ieyasu (Taifusama) e prolungatasi per alcuni decenni, finisce con l’annientare praticamente la comunità cattolica, decimata da un numero incredibile di martiri e di defezioni tra i fedeli giapponesi, atterriti da tanta ferocia. All’origine della persecuzione ci sono ragioni religiose e politiche, come la gelosia dei bonzi per le tante conversioni e l’irritazione di Ieyasu per l’ingerenza nel Paese di potenze straniere come Spagna e Portogallo, da dove proviene gran parte dei missionari, ritenuti per questo loro spie. C’è anche la sventatezza di molti missionari spagnoli. Tutto questo produce la persecuzione che dura fino al 1632. La Chiesa riconosce la validità del martirio di circa 205 vittime, fra le migliaia senza nome, proclamati beati da Pio IX nel 1867. Fra loro, ventinove francescani secolari: Leone Sutsuma e Lucia Freitas (10 settembre 1622), Luigi Baba (25 agosto 1624). Martirizzati a Nagasaki il 1° agosto 1627: Martino Gómez, Luigi e Giovanni Maki e Tommaso Tzugi. Sempre a Nagasaki, il 17 agosto1627 vengono uccisi: Tommaso O Jinemon, Francesco Huhyoe, Michele Chizayemon, Luca Chiemon, Ludovico Matzuo, Gaspare Vaz e sua moglie Maria Vaz, Caio Jiyemon. E l’8 agosto 1627: Ludovico Nifachi e i suoi due piccoli figli Francesco e Domenico Nifachi; Giovanni Tomachi e i suoi quattro figli: Domenico, Michele, Tommaso e Paolo Tomachi; Matteo Alvarez; Michele Jamada e suo figlio Lorenzo Jamada; Romano o Giovanni Romano (Raimondo di Omura), Girolamo della Croce.